创业初期NGS的自动化文库构建平台的选择

原创 2020-08-26 20:07  阅读

  09年和夫人讨论了之后,毅然辞掉了薪水稳定的工作,开始了自己的创业生涯,当时磕磕碰碰不多表。

  13年下半年公司面临转型,技术服务是非常重要的蓝海,而NGS相关工作是我们预估的市场之最,所以整体公司也朝这个方向去运作了。?

  不过对于任何商业主体初创期最痛苦的就是怎么用钱,尤其是花在设备购买上。仪器供应商大家都知道就那么几家,可是发现在选择批量处理的自动化文库构建和核酸提取平台上,哪怕是网络上都没给足够多的建议,这里写下这篇文章,也是为同仁将来的工作节约一些时间。凯发体育官网下载,?

  首先是要解决的是思维,自动化文库构建是NGS流程中最为关键的一步。因为NGS工作是一件非常辛苦的事,工作人员常常要站着工作一天。不管是文库构建还是浓度均一化,一天的实验还行,但是如果你的Case多起来,超强度的工作是无法负荷的,所以用上全自动文库构建的平台是非常重要的,毕竟由于工伤造成的生产效率下降是非常憋屈的。?

  那么下面来说就是要购买什么品牌的移液工作站进行自动化文库构建和核酸提取了,我个人觉得工作站还是要选大品牌的,如Hamilton,Eppendorf,Tecan,Beckman这些大品牌的。不是说有偏见,但是俗话说的好,一分钱一分货,我们试用过的一些非主流品牌的工作站看起来很美,功能各种全,参数各种好,价格非常低。但是在设计里面有很多天生的问题,故障率各种高,机器缺少自我保护机制,稍不留神,就出个要大修的故障,放在学校实验室还成,但是公司受不了,每一分损失的时间,那就是金钱,呵呵。

  接下来的逻辑就是要说下主流品牌工作站。各个厂家的工作站在设计理念上相差的还是比较大的,这个我想应该是和当初设计这些工作站用来满足不同的实验需求是有很密切的关系吧。比如在我用过的工作站里面,移液方式就有两大类,一类是空气活塞的,比如Eppendorf和Hamilton的,这个移液原理和实验室用的移液器是一样的;另外一类是液路式的,比如Tecan、Beckman和PE的部分机器,用个长长的管路通过里面的液压来控制吸放液。个人的感受是液路式的好处在于可以通过吸头液来清洗吸头,这种设计在做ELISA的时候是比较有用的。但是一般做分子实验,肯定会换吸头啊,不然交叉污染伤不起啊伤不起,而且那个管路的液体要定期维护,也是个大问题。所以选择气体活塞这种形式的,对咱们做分子实验,特别是NGS这类实验的就比使用液路式的要合适,毕竟做分子实验都是用惯移液器的嘛。还有呢,关于分液头间距可调这一点,可谓仁者见仁,智者见智了,对于商业来说意义不是特别大。Hamilton和Tecan的机器都有可调间距的。但是这个功能在设定实验程序的时候就相对比较复杂,而且由于间距可调的缘故,各个分液头都是独立控制的。分液头之间的重复性会有点问题,需要工程师逐个调试。上回看厂家工程师来调试,可真是件辛苦的事情。

  说到自动化工作站,就不得不说下各个厂家都会提到的一个无法正常理解的功能——液面探测功能,这个功能也是自动化工作站所谓高大上的地方。据我了解,自动化工作站目前有的液面探测功能主要有接触式和非接触式两大类。接触式的又有采用导电吸头的电容式和采用压力传感的压力式,非接触式的有超声波探测和红外探测两大类。虽然各个厂家销售都说自己的比别人的准,但是我们实验室实际测试下来都没太大的区别。那么来讲讲这两种探测方式最大的区别就是,接触式的是实时探测的,非接触式的是在实验开始前探测的。实时探测看起来确实很酷!但是,我们在做实验的时候经常出现这样的情况:接触式探测的功能,并不能在实验开始的时候知道有多少液体,而是等发现液体不够了再通知我们往里面加试剂。那么问题就来了,如果我们按排班标准安排好生产工作,由于这个异想天开的功能,在机器运转的时候工作人员去忙别的了,可是,等差不多时间再去实验室看看运行的怎么样了,结果发现机器在半途停着,等我们加试剂呢,这种效率损失实在郁闷。相比之下非接触探测的一般是在实验开始的时候就探测了,如果试剂不够,在运行之前就提示我们去加够试剂,这样至少可以安心地去吃饭。这里顺便吐槽下Beckman的机器,他们的探测器是装在分液头上的,而且只有单道的机器才配备,给我们的那个机器却是8道的,说好的液面探测功能就这样没有了,感觉被坑了。?

  最后说到工作站,其实最重要的还是精度问题,毕竟做文库还是有很多小体积要加的,比如加个酶啊,加个barcode啊等等,这里就不得不赞下Eppendorf机器的移液精度了。虽然几个厂家给我们的宣传册上写的精度都差不多的,但是我们测试下来的机器移液精度,Eppendorf远远高于其他几家,这点对于质量控制来说非常重要。多啰嗦几句,如果在选工作站的时候还是要根据自己的实验要求来选,而且功能上也要沟通好,现在做NGS一般比较烦的步骤有核酸提取、文库构建和浓度均一化。有些工作站是这些功能都有的,但是会贵点。有些工作站只有部分功能,在选择的时候一定要先搞清楚,千万别只问销售,销售肯定和你说都可以的,要找技术确认。

  希望这点文字能够给要选用自动化文库构建平台的商业同伴们一点微薄的帮助,也愿大家早日能够在行业找到自己的着力点,实现人生目标。(生物谷

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